Adunarea Generală a Colegiului Medicilor Sălaj alege membrii Consiliului Județean, comisia de cenzori și reprezentanții județului în Adunarea Generală Națională a CMR. De asemenea, aprobă bugetul anual, analizează raportul de activitate al consiliului și stabilește componența comisiilor de disciplină și indemnizațiile acestora.